心灵部队和克拉克总统的政府发现了埋躲在地球太阳系中的阴影飞船，并开始利用这些飞船的先进技术。克拉克政府的排外主义和极权主义日益盛行，并以军事事件为借口公布戒严。这引发了火星的独立战争，而火星长期以来与地球的政治关系一直紧张。巴比伦5号也公布脱离地球独立，其他几个地球同盟的外围殖民地也公布独立。作为回应，地球同盟试图用武力夺回巴比伦5号，但在与空间站结盟对抗日益增长的阴影威胁的明巴利人的帮助下，这次进攻被击退。