魔法学院中海螺长老正在给魔法少年们传授海洋知识，幻化成黑雾的海蛇女王忽然侵袭魔法学院，不但抓走了海螺长老，还用利用海螺长老的法器海螺吸干了海水。教官意识到海底世界的危险命令魔法少年前往海底世界救援，魔法少年们来到海底世界后很快发现了异样，并将目标锁定住了海蛇女王，原来海蛇女王是海底垃圾辐射后的变异体，野心勃勃的海蛇女王联合电鳗法师、虾兵蟹将在海底世界胡作非为，并利用“海晶”控制缺水的海底精灵们，企图统治海底世界。魔法少年们分析失事件的真相后与海螺长老、海公主、小涂涂等海底精灵齐心协力，不畏艰险，终极战胜了海蛇女王，夺回了海螺，恢复了海底世界的自由和快乐，经过这次的战争之后魔法少年们也更加深刻的明白了稳定扔垃圾，保护环境的重要性。